La documentación del Archivo de La Seo se remonta al siglo XII, tras la reconquista cristiana de Zaragoza. Destaca el fondo llamado Armario de Privilegios que recoge la documentación mas importante. En 1771 se redactó, para régimen interno, un Indice general del Armario de Privilegios siendo archiveros Joachin Lassantas, presbítero racionero secretario, y Juan Alexo Vallejo, presbítero ayudante de secretario. Está  ordenado alfabéticamente por letras, ligarzas v números. Dicen sus autores: La falta de documentos procede en mucha parte de haverse extraído para presentarlos en procesos, y con y aunque se ha tenido el cuidado de que el que los llevó dejara recivo, que sin embargo de esto faltan algunos. Debía existir otro anterior porque añaden: Si se compara el nuevo méthodo con que está  trabajando este índice con el antiguo, deve justamente reputarse obra nueva.

Otras series documentales importantes que custodia el Archivo de La Seo son: Actas Capitulares (1468 ss.), Libros de Fábrica (1401 ss.), Libros de Aniversarios (1401 ss.) y Libros del Común o Mensa Canonical (1401 ss.). También custodia otros fondos correspondientes a las administraciones de varias dignidades y oficios capitulares. La mayoría de estas administraciones cuentan con libros, pergaminos v papeles ápocas. Entre los fondos del archivo se custodia asimismo un Cartulario Menor (s. XIII) y un Cartulario Mayor (s. XIV), que son un compendio de los principales documentos capitulares.

Respecto a las publicaciones relativas a los fondos documentales del Archivo de La Seo, queremos destacar: un interesante estudio sobre la sigilografía del Archivo de La Seo del Hermano Luis Aroz; los Cartularios de La Seo por Angel Canellas; La Mensa capitular de la iglesia de San Salvador durante el pontificado de Hugo de Mataplana v los documentos reales de Santa Cristina de Somport de los siglos XII y XIII por María Rosa Gutierrez; la Pabostría de la iglesia de San Salvador en el último tercio del siglo XIII por M." P. López Martín, y la transcripción de las bulas originales del Papa Luna por Tomás Domingo, María Rosa Gutierrez e Isidoro Miguel. En la primera mitad del silo XX importantes historiadores han consultado los Cartularios y los fondos del Armario de Privilegios: Pascual Galindo para sus monografías sobre La Seo zaragozana, Paul Kehr para las Bulas del siglo XII v José María Lacarra en sus documentos sobre la repoblación del valle del Ebro v en su Historia de Zaragoza, y Angel Canellas en la misma Historia. En la segunda mitad del presente siglo profesores y estudiantes de Historia, Historia del Arte o Historia le la Música se han interesado más por la consulta de las Actas Capitulares y del fondo de Fábrica.

Los fondos documentales del Archivo del Salvador o La Seo se conservaban en la sala gótica, sede actual del Museo de Tapices. Al convertirse en 1928 esta sala en museo, se bajó -precipitadamente y en un cierto desorden- la documentación y el mobiliario que la contenía a un salón contiguo a la Biblioteca Capitular bajo la dirección del entonces beneficiado archivero Pascual Galindo.

Los fondos documentales del Archivo de La Seo están distribuidos en seis salas:

Sala I. En mobiliario dieciochesco, distribuido en 73 armarios Y cajones, se custodian los siguientes fondos: Armario de Privilegios, Ligarían Diversorum, Parroquias, Cédulas Reales, Estatutos Capitulares, Inventarios de Sacristía, Fondo de Liturgia, Cofradías (San Leonardo, San Vicente y Corpus Christi, San Valero), Sede Vacante, Procesos y Asuntos Jurídicos, Montes de Piedad y Obras Pías (Fundación del arzobispo Antonio Ibañez de la Riva), Fondo Atarés (10 anuarios), Censos y Treudos, Racioneros de La Seo, Testamentos, Inquisición, Concilios, Diezmos y Primicias v otros fondos económicos (quindenios, real noveno, cuarta décima y tazimias), Ordenes Religiosas monásticas, mendicantes militares), Racioneros y Beneficiados, Acción Caritativa y Social, Libros de Cabreo, Santos relacionados con la catedral del Salvador y Planos.

Sala II. Sirve de despacho de los Archiveros. Custodia también la reproducción de la colección sigilográfica del Archivo de La Seo.

Sala III. Contiene: Actas Capitulares, Libros de cartas con la Corte y el procurador capitular en Roma, Indices, Guerra Civil, Fondo de Planchas v Grabados Y Armario de microfilmes. Allí se encuentra también la Biblioteca Auxiliar del Archivo: Diccionarios, Inventarios y Catálogos; Ciencias Auxiliares de la Historia,- Catedral de La Seo y catedrales españolas; Judíos e Inquisición. Cuenta con 325 libros.

Sala IV. Esta sala custodia los siguientes fondos: Fábrica, Sacristía, Común, Canonical (casas y barrios de Zaragoza, intervención de frutos, cuentas, censales v treudos), Arcedianatos, Arciprestazgos, Prelados de Zaragoza, Oposiciones de canónigos y beneficiados (nombramientos, nominas y hábitos de coro), Catálogos de personal (canónigos, beneficiados v racioneros), Juntas de Hacienda, Administración de Culto, Pleitos de catedralidad, Escrituras ante notarios, Libros de capas, Puntos v Vacantes, Maestrescolía, Agentes en Roma, Colegio de Infantes, Obrería, Camarería, Enfermería, Chantría, Caritatería, Tesorería y Capellanía de la Infanta.

Sala V. Ha sido renovado totalmente el mobiliario y la disposici¢n del material pasando de 60 metros lineales a 78. Contiene las siguientes series: Correspondencia recibida. Subsidios Excusado, Cruzada, depósito misceláneo y piezas residuales de otros fondos. Se han ubicado en cajas los papeles sueltos y los libros se han clasificado por orden cronológico. Ya están clasificadas las dos terceras partes del material allí custodiado. También se conservan diversas ligarzas de papeles y varios varios paquetes de pergaminos que están en curso de clasificación.

Sala VI. Cuenta con nuevas estanterías. Contiene: Puntuaciones capitulares, Distribuciones de Canonical, Aniversarios (distribuciones, gastos ordinarios y, extraordinarios, distribuciones de votivos aniversarios, distribuciones de nuevos fundados. cuentas de censales, treudos de casas y heredades treudos de parroquias de Zaragoza y miscelánea), Fundaciones particulares, Pabostria (cuentas de casa y horno, libros de abasto de carnes del estado eclesiástico, productos, tejares, aljería y miscelánea), Cuartaciones (arciprestazgos, bayle, casas de fábrica), Fondo de Santa Cristina, libro Mayor y otros fondos menores.

También custodia, en moderno armario metálico de bandejas, los pergaminos de varias administraciones. Ya estaban clasificados los pergaminos contenidos en el Armario de Privilegios. Desde 1996 se ha iniciado la clasificación del resto de las series, tarea que ha sido encomendada a José Antonio Lasarte, Auxiliar de los Archivos y Biblioteca Capitulares, quien ha redactado ya fichas de unos 1.700 pergaminos, después de ser sometidos a un riguroso proceso técnico de lavado, planchado y restauración. Esta tarea la están realizando las monjas benedictinas del Monasterio de San Benito y las cistercienses del Monasterio de Santa Lucía. Tarea en la que ha invertido ya el Cabildo más de 2 millones de pesetas, sin haber recibido ningún tipo de subvención. En cuanto a las necesidades más urgentes, por razones de seguridad y preservación de los originales, está en estudio la microfilmación o digitalización de las Actas Capitulares y documentos del Armario de Privilegios.

El Archivo de La Seo dispone de aparato lector de microfilmes. Su estado de conservación es bueno. La antigua instalación de armarios de madera del siglo XVIII se ha visto completada con nuevas estanterías metálicas. El Reglamento del Archivo (1993) sigue las orientaciones de la Asociación Española de Archiveros de la Iglesia. Los Canónigos Archiveros asisten anualmente a los Congresos Nacionales de dicha Asociación y han presentado varias ponencias y comunicaciones, publicadas en la revista Memoria Ecclesiae.

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