La Biblioteca Capitular la integran las llamadas Biblioteca del Pilar Y Biblioteca de La Seo, únicas instituciones que mantuvieron su independencia tras la unión en uno solo de los antiguos Capítulos del Salvador y del Pilar mediante la bula In apostolícae dígnitatis (11-II-1676) del papa Clemente X y la bula Romanum decet (12-111-1731), completando la anterior, y por la que el papa Clemente XII unió las mensas o rentas de ambos cabildos. Tanto la Biblioteca de La Seo como la del Pilar poseían muy buenos fondos bibliográficos, siguiendo la vieja tradición cesaraugustana.

La más antigua biblioteca aragonesa conocida se debe al obispo San Braulio (631-651). Con Sevilla compite en profusión de libros e irradiación de ciencia Zaragoza y su monasterio de Santa Engracia, cuyo centro cultural alentaron tres obispos insignes: Máximo Juan y Braulio. La librería de Braulio era tan numerosa como selecta y contaba con numerosos ejemplares prestados, pedidos e intercambiados . Otro prelado zaragozano, el obispo Tejón marchó a Roma en busca de una originalísima obra de San Gregorio Magno, una meditación en 35 libros sobre el libro de Job. En el Archivo del Pilar se conserva una copia de los Moralia ín Job (s. XIII) obra ricamente iluminada, donde se nos relata el viaje de Tajón a Roma y un amplio relato de la tradición pilarista ya en su fase desarrollada del siglo XIII.

El movimiento universitario y renacentista influyó en los cabildos y varios canónigos de la catedral de La Seo y de la colegiata del Pilar pasaron por las aulas de prestigiosas universidades: Bolonia, Paris, Alcalá  o Salamanca. Estos canónigos traen y llevan cultura, cuyo medio principal fueron los libros. lmportantes fueron las bibliotecas privadas: La de Pedro Martínez de Luna (Benedicto XIII) tenía más de 1.500 códices y, notable era también la de su fiel súbdito y cronista Martín de Alpartil, prior de La Seo. También tenemos constancia de que los arzobispos zaragozanos desde Pedro López de Luna (+1345) hasta Hernando de Aragón (+1575) y algunos obispos auxiliares, como Juan Crespo, dejaron sus libros a la Biblioteca de La Seo. Tuvieron también buenas bibliotecas los canónigos zaragozanos Pedro Cerbuna (prior de La Seo y luego obispo turiasonense) y Bartolomé Llorente que donó su biblioteca particular al Pilar, de cuya colegiata fue varias veces prior. Los sínodos diocesanos y la práctica de la visita pastoral, ordenados por el Concilio de Trento, la aparición de la imprenta y la implantación de los colegios de la Compañía de Jesús aumentarán el patrimonio librario de nuestra biblioteca.

Juan Crespo (+1506), obispo de Ales (Cerdeña), dejó su biblioteca personal al Pilar. El códice latino Commentaría in Evangelía (sig. 11-47) escrito en papel y letra gótica itálica, a dos columnas, que podemos datar en torno al año 1450,dice textualmente en el último folio en blanco: Este libro fue del Rdo. Sr. maestre Johan Crespo, escríto de su propia mano, obispo de Ales y canónigo desta ígiesia. Lo mismo podemos decir del códice latino Super Sentencías (sig. 24-41) que en el folio 99, numerado recientemente a lápiz, hay una breve pero importante advertencia: Este libro fue del Rdo. Sr. maestro Johan Crespo, obispo de Ales y canónígo desta iglesia. Se trata de una obra de finales del siglo XV, que recoge la obra de Francisco Maironas. Juan Crespo fue obispo auxiliar del arzobispo Alonso de Aragón y un afamado predicador.

Bartolomé Llorente (1540-1614), canónigo del Pilar (1572-1614), fue el organizador del Archivo y de la Biblioteca del templo mariano, tarea en la que le ayudó el maestro Espés entre 1578-1583. La Biblioteca Capitular, exceptuados algunos fondos provenientes de la Biblioteca de La Seo y las modestas donaciones que dejaban al morir algunos canónigos, procede en gran parte de la biblioteca particular de Bartolomé Llorente. Este ilustre hijo de Longares fue tres veces prior del Pilar al regresar de su estancia en Roma (1583-1587), donde defendió la catedralidad del Pilar frente a los canónigos de La Seo. Fue diputado del Reino (1590, 1606 y 1612) y cronista (elegido 1613). Sus obras de caracter histórico-cronológico son breves, esquemáticas, sin pretensión editorial alguna, pero muy minuciosas. Su estancia en Roma fue importante para su formación humanista y para el engrandecimiento de su biblioteca personal. Cuando regresó de Roma su amigo el turolense Francisco Lamata le informaba con frecuencia desde la Ciudad Eterna sobre manuscritos y nuevas ediciones. Redactó en 1587 el índice de su biblioteca.

Más arriba decíamos que en algunos libros de la Biblioteca Capitular se indicaba la pertenencia al obispo auxiliar Juan Crespo. Lo mismo podemos decir, pero en mayor cantidad, respecto a varios manuscritos, incunables y otras obras pertenecientes a Bartolomé Llorente, que donó su biblioteca al Pilar. En la cubierta interior o primera página de algunos libros se indica que pertenecieron al canónigo Llorente y se nos informa incluso del lugar y fecha de adquisición del códice, el coste y el amanuense: scriptor Andreas Darmarius. Citamos a modo de ejemplo los manuscritos griegos 9 (olim sig. 46-52) y 13 (olim sig. 17-91) o el Líber eclesiasticus (sig. 21-55).

Las Actas Capitulares del siglo XIX recogen también testimonios de la donación de Juan Bernardón. Una parte de su fondo bibliográfico se custodia en la Biblioteca Capitular con tejuelos impresos que recuerdan al donante y otra parte de este patrimonio librario se halla en el Archivo de Música, donde están registradas 577 obras musicales procedentes de su legado. Las Actas Capitulares(I-XII- 1858)dicen: Se leyó un memoríal de D.Juan Bemardón ,abogado y vecino de Valencía residente en esta Cíudad que da de limosna y hace donación á Ntra. Sra. del Pilar de una araña de cristal y una porcíón de libros, planos, mapas y gravados con el objeto de que sirvan de utilidad a la Yglesia y permanezcan perpetuamente en sus archivo y Librería, y Su Señoría Illustrísíma se dígnó admitir la espresada donación, acordando se le den las gracias al referido Bemardón, autorizando á la Junta del Pilar para recibir en debida forma los efectos contenidos en la referida donación, dándole el correspondíente resguardo.